Здание костела было построено в 1823-1825 гг. на углу Торговой и Мастерской улиц по проекту архитектора Давида Висконти. Церковь строилась на том месте, где находился дом и садовый участок митрополита Станислава Богуша-Сестренцевича(1731-1825), и получила свое имя в память о нем. Свой дом на Казанской 27 Станислав Богуш-Сестренцевич пожертвовал на устройство первой в России всесословной гимназии(позже - Вторая классическая гимназия императора Александра I. На земельном участке митрополита С. Богуша-Сестренцевича, находившемся на углу Мастерской и Торговой улиц, была устроена католическая капица. Перед смертью 93.летний митрополит завещал свой участок и значительную денежную сумму на возведение церкви.
Здание костела построено в классическом стиле. Нижний ярус каждого фасада прорезан проемами, которые обрамлены двухколонными портиками. Нижний этаж отделен антаблементом от верхнего аттикового этажа. Купол расписан кессонами с розеттами. Поддерживающие арки богато орнаментированы. Колонны поставлены попарно.В послереволюционные годы храм Святого Станислава долго оставался одной из немногих католических церквей Петрограда-Ленинграда. В 1934 г. костел был закрыт, а служители арестованы.
В настоящее время костел восстановлен и начал работать.